Основными научными задачами Луна-26 являются:

Изучение лунной поверхности

• Построение топографической карты лунной поверхности. 
• Определение структуры и состава недр. 
• Поиск богатых водородом регионов на Луне. 
• Определение химического и элементного состава реголита. 
• Определение неоднородности лунного гравитационного поля.

Окололунная наука

• Изучение состава и динамики экзосферы.
• Исследования взаимодействия солнечного ветра и луны.
• Исследования лунных магнитных аномалий и соответствующей динамики плазмы.
• Определение спектров микрометеоров вокруг Луны.